読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

データ・サイエンティストは可視化の夢を見るか?

Does Data Scientist Dream of Visualization?

Jupyter Notebook のセット・アップ(Mac)

Jupyter Notebook のセット・アップで Julia は簡単にインストールできたけれど、R の対応に手間取ってしまったのでメモしておきます。


先ず、R を Jupyter から使用するには “IRkernel” のインストールが必要です。

Installation · IRkernel

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

ところが Mac OS X (El Capitan) では “git2r” のインストールで失敗します。

どうも、これは小生の環境で Homebrew によるものと Anaconda によるもので Python が混在してた影響らしい。そこで Homebrew に一本化しました(さよなら、Anaconda)。

さて、事前に必要なのが openssh, libssh2 の「模様」です。Homebrew でインストールしておきます。

$ brew install openssh
$ brew install libssh2

ここまで環境を整えてやったうえで再度 R 上で

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

としてやれば、きちんと “devtools” までインストールができるようです。

あとは、ひきつづき R 上で

IRkernel::installspec()

としてから、シェルのコマンド・ラインで “jupyter notebook” として Jupyter を起動してやれば、R が Jupyter 上から使えるようになります。


以上、お騒がせしましたが、同じ轍を踏むことのないように備忘録として。


追記:
ついでに Spyder と RStudio も御本山から .dmg でいただいてきて再インストールしました。